Voulant remercier Dieu de cet honneur qui lui est fait, Béra 1er choisi le monastère d'Alet pour y prononcer une action de grâce. C'est à cette occasion qu'il promeut le monastère au rang d'Abbaye. La charte de fondation de l’Abbaye bénédictine d’Alet remonte à l’an 813. Dès lors l'Abbaye d'Alet richement, dotée avec d'importants territoires et paroisses sous. Son autorité, ne cessera de prospérer et de grandir en influence.
Hélas, richesses et puissance engendrent trop souvent envie jalousie et convoitise; aussi, l'ennemie la plus acharnée de l'Abbaye d'Alet se révélera être l'Abbaye de Lagrasse qui lui disputera pendant tous ces siècles la prédominance sur l'Abbaye de Saint Polycarpe (près de Limoux). Le territoire de l'Abbaye d'Alet ayant le privilège de n'avoir jamais appartenu qu'à l'Eglise, il sera facile pour son ennemie d'attiser contre elle la convoitise des féodaux locaux, et on verra tour à tour les seigneurs de Cournanel, Serres, Couiza et Limoux essayer de prendre de force le contrôle de l'Abbaye.
En ces temps incertains, parce que les alliances étaient souvent changeantes, les alliés aussi bien que les ennemis naturels de nos grand féodaux se trouvent être nos voisins d'Espagne. Guerroyant les uns contre les autres les féodaux entretenaient mercenaires et soldats dans des armées privées. Mais « en temps de paix », trop souvent, ces mercenaires, désœuvrés entre deux guerres et donc privés de solde, se regroupaient alors en bandes organisées connues sous le nom de « routiers» et se retournaient contre les populations locales, pillant, massacrant et rançonnant sans pitié.
Aussi vers 1091 un des abbés d'Alet qui se montra des plus avisés, l'Abbé Pons d'Amely mit l'Abbaye et le bourg attenant en état de défense en les dotant d’un mur d’enceinte en pierre de taille.
Ainsi protégée l'Abbaye continua sur sa prospérité et devint encore plus puissante et influente jusqu'à l'époque de la croisade contre les hérétiques Cathares. Lors de cette « croisade », les populations locales choisirent de rester fidèles à leurs suzerains, les vicomtes Trencavel de Béziers et Carcassonne contre l'armée d'invasion des « Estrangers du Nord ». Les moines d'Alet se ralliant aux Trencavel, ces derniers se retrouvèrent « excommuniés » ipso facto.
Lorsque les armées de Simon de Monfort furent victorieuses, les moines se mirent à l'abri pour un temps à la cour du Comte de Foix. Plus de 40 ans plus tard, à la pacification, les survivants du collège des moines d'Alet plaidèrent si bien leur cause qu'ils furent autorisés à réintégrer leur Abbaye. Mais ces moines s'étant en quelque sorte montrés « rebelles» ils resteront suspects aux yeux de leur hiérarchie.
C'est assurément une des raisons pour laquelle, Jean XXII, le Pape de l'époque, considérant que l'Evêché de Narbonne auquel Alet était rattaché, était trop immense pour être efficacement administré... et contrôlé. Aussi décida-t-il de le scinder, et de créer trois nouveaux évêchés dont celui de Limoux. En effet, Limoux ayant toujours été la ville la plus importante en Haute Vallée de l'Aude, c'était donc à cette cité que revenait de plein droit le titre de cité épiscopale, mais des circonstances extraordinaires firent que le choix du Pape se porta sur la basilique Saint Martin de Limoux comme nouvelle cathédrale, mais ce choix fut contesté par les moniales de Lasserre De Prouilles dont la basilique était leur fief attitré, attribué par Saint Dominique en personne. Les moniales firent donc un procès au Pape et, le gagnèrent. Aussi Jean XXII dut-il se dédire et transférer le siège épiscopal de Limoux à Alet : l'Abbatiale Notre Dame d'Aleth devenant conjointement en 1318 la Cathédrale Notre Dame d'Aleth.
Mais bientôt arrive l'époque funeste des « guerres de religion », par tout en Europe de l'Ouest, Catholiques et Protestants s'entredéchirèrent « au Nom de Dieu », mettant des pays entiers à feu et à sang. Si l’abbatiale romane avait évité les dévastations de la croisade des Albigeois, elle ne put cependant échapper au pillage des protestants. Les huguenots prirent Alet en 1573, et le 6 janvier 1577 ils dépouillèrent la cathédrale de toutes ses richesses, renversèrent ses autels et brisèrent ses vitraux. Alet, cité calviniste connaîtra plusieurs assauts (sept ou huit selon les chroniqueurs). Lors d'un de ces assauts en 1577, un boulet de canon incontrôlé fait effondrer une partie de la toiture de la cathédrale.
Le monument servit alors de carrière de pierres pour remonter les remparts de la ville. La Cathédrale Notre Dame fut abandonnée vers 1600 au profit d’une cathédrale de fortune aménagée dans les vestiges des bâtiments conventuels (la cathédrale St Benoît). Le pays étant ruiné suite à ces conflits répétés, la toiture ne sera jamais réparée et finira par s'effondrer complètement d'elle-même; aussi le dernier des 35 évêques qui se sont succédés à Alet, peu avant la Révolution Française ayant hérité d'un évêché bien mal en point et d'une cathédrale désaffectée, monument vide, sans toiture, se résoudra-t-il à en vendre les murs pour permettre de réaliser le projet de nouvelle route Royale dont le tracé devait passer à travers la cathédrale. Le projet ne fut réalisé que bien plus tard sous Napoléon premier. Ainsi, lorsque vous rentrez dans les ruines de l'abbaye par la porte attenante à l'Office de Tourisme d'Alet, vous vous retrouvez dans ce qui était autrefois le déambulatoire, en effet, face à cette porte, vous ne pouvez manquer l'unique abside gothique survivante des cinq absides rayonnantes qui entouraient le « chevet roman ». C'est donc la réalisation du CD 118 qui scella le sort de notre bâtiment, la route amputant l'édifice de 4 des 5 absides rayonnantes et gothiques, perdant leurs appuis originels des pans entiers de mur s'écroulèrent au fil du temps.
Ce n’est qu’en 1903 que les premiers travaux de restauration et de mise en valeur seront entrepris et en 1947 que les vestiges seront dégagés dans leur présentation actuelle. Une récente opération de consolidation a permis de sauver le chœur Roman, la partie la plus antique et la plus poignante du monument.

bibliographie:
 Les templiers des pays d'oc et du roussillon de Simon JEAN